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確かに死体が折り重なっていると対象の指定が面倒になります。ですが、
「HP0の敵が消える」という動作は、いくつかのクエでマスター側が用意したイベントによって実現されてはいますが、だからと言ってこれをデフォルト化してしまうのも問題があると思います。
まずひとつはこの「死んだオブジェクトを消す」というイベントを組み込むと、クエストの挙動が滅茶苦茶重くなることがあるためです。特にPL数人でのマルチプレイは重さが顕著になります。「敗走」「襲撃、そして・・・」「ラダムーンの森」等をプレイするとよくわかると思います。
二つ目に、デフォルトで消えてしまうと、「敵が死んでも復活する」というイベントが作れなくなってしまいます。
「襲撃、そして・・・」のカオスルートがその例です。「襲撃」クエでは、雑魚敵は死んだら消え、敵の冒険者グループは死んでも消えないようになっています。
ですので、敵の冒険者グループのアコライトが、先に死んだ敵冒険者を生き返らせるということが可能になっています。
オブジェクト消去がデフォルトになればこれができなくなるので、クエスト作者が作りたい難易度を実現できないという問題が起こると思います。

ですので、「死んだらオブジェクトを自動で消す」かどうかはマスターの意向で選択できるままにしておいて、それ以外の方法で対象の選択をしやすく改善していただきたいです。

選択しやすいといえば、ザコ敵を倒したとき、HP0の相手を消えるようにできるようにしてほしいですね。
大量の敵が出てくるマップで、いっぱい戦闘不能のキャラが重なると操作の邪魔なので。